W dniu 6 lipca 1929 roku, za aprobatą ówczesnego Prezydium Miasta Krakowa dokonano uroczystego otwarcia Zwierzyńca fauny krajowej w Lesie Wolskim.
Zanim powstało krakowskie ZOO, od roku 1926 istniała w Lesie Wolskim tzw. Bażantarnia. Zgodnie z nazwą była to hodowla bażantów, przy której przez pewien czas trzymano także inne zwierzęta.
Idea utworzenia zwierzyńca zrodziła się w 1927 roku. Miejsce pod przyszłe ZOO wybrano na polanie w środkowej części Lasu Wolskiego, na wzniesieniu (345 m n.p.m.). W roku następnym przygotowano teren, zbudowano klatki i woliery, w których umieszczono pierwszych skrzydlatych i czworonożnych mieszkańców.
W dniu otwarcia ogrodu zwierzostan liczył 94 sztuki ssaków, 98 sztuk ptaków i 12 sztuk gadów. Były to głównie zwierzęta rodzime. W październiku 1929 roku powołano do życia Towarzystwo Przyjaciół Zwierzyńca, w skład którego weszli profesorowie i asystenci Uniwersytetu Jagiellońskiego oraz przyrodnicy krakowscy. Towarzystwo przyczyniło się do rozbudowy zoo na miarę ówczesnej wiedzy w zakresie wymagań hodowli zwierząt w warunkach niewoli.
W czasie II wojny światowej krakowskie ZOO znajdowało się pod administracją niemiecką. Niektóre zwierzęta zostały przetransportowane do niemieckich ogrodów.
W 1963 roku utworzono samodzielne przedsiębiorstwo pod nazwą Miejski Park i Ogród Zoologiczny. Rozpoczął się okres rozbudowy zoo.
W roku 1975 obszar ogrodu powiększono do 15 ha. Rozpoczęto proces modernizacji wybiegów, klat i schronów dla zwierząt.
Obecnie nasz ogród zamieszkuje około 1 300 sztuk zwierząt, przedstawicieli ponad 260 gatunków.